纯化色谱系统使用色谱技术实现物质的分离。气相色谱仪样品在色谱柱中得以分离是基于热力学性质的差异。固定相与样品中的各组分具有不同的亲合力，对气固色谱仪是吸附力不同，对气液分配色谱仪是溶解度不同。当载气带着样品连续地通过色谱柱时，亲合力大的组分在色谱柱中移动速度慢，因为亲合力大意味着固定相拉住它的力量大。亲合力小的则移动快。
检测器对每个进入的组分都给出一个相应的信号。将从样品注入载气为计时起点，到各组分经分离后依次进入检测器，检测器给出对应于各组分的信号（常称峰值）所经历的时间称为各组分的保留时间。
纯化色谱系统的许多功能进一步得到开发和改进，如大体积进样技术，液体样品的进样量增加；检测器也不断改进，灵敏度进一步提高；与功能日益强大的工作站相配合，色谱采样速率显着提高，这为快速色谱分析提供了保证。
纯化前的准备工作：
一、样品稳定性试验。
1、测定样品在pH2－9的稳定性；
2、测定样品在0－4mol／LNaCl及0－2mol／L硫酸铵中的稳定性；
3、测定样品在0－50％乙醇、甲醇中的稳定性；
4、测定样品在4－40℃的稳定性；
5、室温下静置过夜，测定对蛋白水解酶的稳定性。
二、样品预处理：
1、去除样品中颗粒物（0.45－0.22微米膜过滤或者10000g离心15分钟）；
2、去除样品中脂类（10000g离心15分钟或有机溶剂抽提）；
3、去除样品中核酸（加入核酸酶消化或者使核酸沉淀）；
4、抑制样品中蛋白水解酶（加入蛋白酶抑制剂、低温下快速分离或在蛋白酶缺陷宿主中表达重组蛋白）。
